پس از رحلت کمالوند در سال ۱۳۴۳ش، جمعی از اهالی خرم‌آباد با حضور در قم، از امام‌خمینی خواستند مدیریت حوزه علمیه کمالیه را به مهدی قاضی واگذار کند.

ریاست هیئت‌مدیره مرکز خدمات حوزه‌های علمیه قم با حکم حضرت آیت الله سیدعلی خامنه‌ای از دیگر مسئولیت‌های آیت الله قاضی بود.

آیت الله قاضی در اولین دوره مدیریت حوزه علمیه قم به ریاست محمد مؤمن قمی، معاونت اداری حوزه را بر عهده داشت

آیت الله قاضی در خرداد 1362 با حکم امام، مأمور رسیدگی به پرونده زندانیان سیاسی شد.

آیت الله قاضی در سال 1358 مدرسه عالی تربیتی و قضایی طلاب قم را تاسیس و ریاست آن را بر عهده گرفت.