علی اکبر فیض‌ آلنی مشهور به آیت الله مشکینی، در سال ۱۳۴۰ق مصادف با ۱۳۰۰ش در روستای آلنی از توابع‌ شهر خیاو اردبیل که بعدها نام آن به مشکین‌شهر تغییر یافت، متولد شد.

علی مشکینی، پس از مرگ پدر و به سفارش وی، برای تحصیل علوم دینی به اردبیل سفر کرده و مقداری از صرف و نحو را در آنجا فرا گرفت و سپس عازم قم شد. او در قم در درس‌های سید محمد حجت کوه کمره‌ای، سید حسین طباطبائی بروجردی، سید محمد محقق داماد و سید محمدصادق روحانی حاضر می‌شد. مشکینی، نویسنده نامه‌ای دانسته شده که در سال ۱۳۳۷ش با امضای ۲۰۰ طلبه و استاد حوزه علمیه قم، برای سازماندهی آموزشی در حوزه علمیه قم و اضافه شدن دروسی همچون اخلاق به برنامه‌های تحصیلی طلاب، خطاب به آیت‌الله بروجردی نوشته شده است.

آیت الله مشکینی، از مؤسسان مدرسه حقانی در دهه ۱۳۴۰ش بوده و دروس اخلاق و مکاسب را در آن مدرسه تدریس می‌کرده است. وی همچنین کتاب‌های رسائل و مکاسب شیخ مرتضی انصاری را خلاصه کرد و با سبک و سیاقی متفاوت در اختیار طلاب آن مدرسه قرار داد. مشکینی به همراه تعداد دیگری از استادان حوزه، حلقه‌ای ۱۱ نفره را شکل دادند که برای اصلاح حوزه فعالیت کرده و دغدغه‌های سیاسی را در بحث‌های خود مطرح می‌کردند. دیگر اعضای این حلقه، عبدالرحیم ربانی شیرازی، حسینعلی منتظری، علی قدوسی، سید علی خامنه‌ای، سید محمد خامنه‌ای، اکبر هاشمی رفسنجانی، احمد آذری قمی، ابراهیم امینی، محمدتقی مصباح یزدی و مهدی حائری تهرانی بوده‌اند. در همین دوران آیت الله مشکینی به منظور متواری شدن و رهایی از تعقیب ساواک، نزدیک به هفت ماه در نجف ساکن شد و در کلاس‌های درس عده‌ای از مراجع، خصوصاً امام خمینی حاضر شد. با این حال او به دلیل ضعف مزاج و هوای گرم نجف، بار دیگر به قم بازگشت.

مشکینی در دوران عمر خویش، کتاب‌هایی را در علوم مختلف به زبان فارسی و عربی تألیف کرد. مرکز تحقیقات کامپیوتری علوم اسلامی نور، نرم‌‌افزاری موسوم به «مجموعه آثار همایش بزرگداشت حضرت آیة الله مشکینی» را در سال ۱۳۹۳ش تولید کرد. این مجموعه در چند بخش کتاب‌های تألیفی، گفتارها (خطبه‌های نماز جمعه)، یادنامه و نگارخانه (ده‌ها سخنرانی درس اخلاق (ارائه شده در شبکه رادیویی معارف) به همراه تصاویر منتشر شد. ترجمه قرآن او به فارسی یکی از آثار اوست.

مشکینی یکی از ۱۲ امضاکننده اعلامیه مرجعیت امام خمینی در سال ۱۳۴۹ش بوده است. وی بعداز حوادث پانزده خرداد به جمع مبارزین پیوست. کارهای فردی و مخفی، ارتباط با شخصیت‌های سیاسی پیرو امام خمینی و مبارزه علنی و موضع‌گیری صریح در برابر حکومت پهلوی از ویژگیهای مبارزه وی بود و چندین بار در زندان ساواک قم و زندان شهربانی زندانی شد. او چهار ماه در تهران متواری و با نام مستعار زندگی کرد. پس از این چهار ماه به مدت هفت ماه به نجف رفت و بعد از بازگشت بلافاصله به مشهد تبعید و قریب ۱۵ ماه در مشهد ساکن شد. مدت کوتاهی پس از بازگشت از مشهد٬ حکم تبعید ۲۷ نفر از طلاب و مدرسین حوزه که از نظر ساواک عاملین تخریب و خرابکاری بودند صادر شد. آیت الله مشکینی هم جزو این افراد به سه سال تبعید به شهر ماهان کرمان محکوم شد. وی به مدت یک سال در شهر ماهان تحت مراقبت زندگی کرد و در اثر فعالیت‌های مختلف و به صلاح دید شهربانی به شهرستان گلپایگان تبعید شد. اقامت او در شهرستان گلپایگان – نزدیک قم- ارتباط وسیع طلاب و رفت و آمدهای بسیار آنان را موجب شد. به همین دلیل ساواک وی را از گلپایگان به مدت دو سال به کاشمر خراسان تبعید کرد. در سال ۱۳۵۷ شمسی و پس از بازگشت از کاشمر و هم زمان با حرکت امام خمینی از نجف به پاریس، ساواک آ‌یت‌الله مشکینی را دستگیر کرد. پس از خروج محمدرضا پهلوی از کشور و پیش از بازگشت امام خمینی٬ وی یکی از روحانیان متحصن در دانشگاه تهران برای ورود امام خمینی در دوره حکومت(نخست وزیری) بختیار شد.

پس از انقلاب آیت الله مشکینی اقداماتی را در جهت تثبیت نظام انجام داد؛ وی در بلوای حزب خلق مسلمان در منطقه آذربایجان حضور یافت. در جریان دستگیری فرزندنش که در عضویت و همکاری سازمان مجاهدین خلق ایران بود، نامه‌ای به عنوان «سرپرست کمیته مرکزی انقلاب» نوشت و این اتفاق را طلیعه عدالت در نظام اسلامی و مسرت بخش توصیف کرد. وی همچنین یکی از منتقدان دولت موقت به ریاست مهدی بازرگان شد. پس از شهادت سید اسدالله مدنی، چند ماهی امام جمعه تبریز بود. و بعد از آن به دستور امام خمینی راهی قم شد. در پی سخنان هاشم آغاجری از اعضای سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی، آیت الله مشکینی با عنوان رئیس جامعه مدرسین اطلاعیه این جامعه در مورد نامشروع بودن سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی ایران را امضا کرد.

 

آیت‌الله مشکینی سرانجام پس از ابتلا به بیماری خونی مزمن، دوشنبه ۸ مرداد سال ۱۳۸۶ش درگذشت. پس از تغسیل بدن وی در حسینیه فاطمیون تهران توسط مداح مشهور حاج منصور ارضی،  ناصر مکارم شیرازی، از مراجع تقلید شیعه، ۱۱ مرداد بر او نماز خواند و درحرم حضرت معصومه(س) به خاک سپرده شد.