محمد صدوقی در سال ۱۲۸۸ در یزد به دنیا آمد و از سیزده سالگی دروس حوزوی را در مدرسه عبدالرحیم‌­خان یزد آغاز کرد. وی سال ۱۳۰۹ در حوزه علمیه اصفهان درس خواند و سال ۱۳۰۰ روانه حوزه علمیه قم شد و از دروس عبدالکریم حائری­ یزدی، مراجع ثلاث و سیدحسین بروجردی استفاده کرد.

صدوقی پس از درگذشت حائری سطوح متوسط و عالی را تدریس می­‌کرد و مسئولیت رسیدگی به امور طلاب و تقسیم شهریه که از زمان حائری به او سپرده شده بود، تا زمان مرجعیت سیدحسین بروجردی نیز استمرار یافت. او از سال ۱۳۳۰ به یزد بازگشت و علاوه بر احیاء مدارس علمیه، به تدریس فقه و اصول و برگزاری جلسات تفسیر و سخنرانی‌­های روشنگرانه پرداخت.

صدوقی از روزهای اولیه ورود به حوزه علمیه قم با امام­‌خمینی آشنا شد و آشنائی آنها به رفاقت تبدیل شد و از همراهان جدّی نهضت امام­‌خمینی بوده است؛ چنان که در مقاطع مختلف در سال­ های مبارزه حضور فعال داشت.

صدوقی برای ملاقات با امام‌­خمینی به پاریس رفت و به هنگام ورود امام­‌خمینی به ایران در تهران و بهشت زهرا کنار ایشان حضور داشت. او نمایندگی مردم یزد را در مجلس خبرگان قانون اساسی داشت و در دوران جنگ تحمیلی حضور مؤثر و زیادی در جبهه داشت.

امام‌­خمینی علاقه شدیدی به صدوقی داشت. او در سال ۱۳۵۸ به سمت امام جمعه و نماینده امام­‌خمینی در یزد منصوب شد و در سال ۱۳۶۳ در نماز جمعه به شهادت رسید و امام‌­خمینی در پیام تسلیت شهادت صدوقی او را دوست عزیز خود نامید. محمدعلی صدوقی تنها فرزند پسر صدوقی بوده که مورد توجه خاص امام­‌خمینی بوده و پس از درگذشت سیدروح‌­الله خاتمی به امامت جمعه و نمایندگی امام­‌خمینی در یزد منصوب شد.

محمد صدوقی اسفند ۱۲۸۸ در یزد به دنیا آمد. پدرش میرزاابوطالب، از روحانیان معروف این شهر و پیش‌نماز مسجد حظیره (روضه محمدیه) یزد بود. جد صدوقی، آخوند محمدمهدی کرمانشاهی به جهت مبارزه با ظلم عوامل حکومتی، به دستور فتحعلی‌شاه قاجار از کرمانشاه به یزد تبعید شد و مزار او هم‌اکنون در یزد، زیارتگاه مردم است. نسب او به شیخ صدوق از محدثان قرن چهارم می‌رسد؛ از همین رو لقب صدوقی گرفته‌است.

محمد صدوقی فراگیری خواندن و نوشتن را از مکتبخانه آغاز کرد. او در هفت‌سالگی، پدر و در نه‌سالگی، مادر را از دست داد و از سیزده‌سالگی به مدرسه طلبگی عبدالرحیم‌خان یزد رفت و دروس مقدمات و دوره نخست فقه را نزد سیدمحمدعلی کازرونی، غلامرضا فقیه خراسانی، علی بمانی و محمد زارچی آموخت. وی در سال ۱۳۰۸ ازدواج کرد و در سال ۱۳۰۹ برای ادامه تحصیل، به اصفهان رفت و سال بعد به شهر قم مهاجرت کرد و در مجموع از درس‌های عبدالکریم حائری یزدی، سیدصدرالدین صدر، سیدمحمدتقی خوانساری، سیدمحمد حجت کوه‌کمره‌ای و سیدحسین بروجردی بهره گرفت.

صدوقی پس از درگذشت حائری یزدی، سطوح متوسط و عالی را تدریس می‌کرد و در طول دوره تدریس او افراد فراوانی نظیر محمدتقی جعفری، مرتضی مطهری، علی قدوسی، محمد فاضل لنکرانی، یوسف صانعی، احمد جنتی و سیدهاشم رسولی محلاتی از درس وی استفاده برده‌اند. مسئولیت رسیدگی به امور طلاب و تقسیم شهریه که از زمان حائری یزدی به وی سپرده شده بود، در زمان زعامت سیدحسین بروجردی نیز ادامه یافت و تولیت مدارس نیز به آن اضافه شد. وی در روزهای فراغت برای امرار معاش از دسترنج خود به کشاورزی در منطقه عباس‌آباد قم می‌پرداخت. وی در سال ۱۳۳۰ از قم برای حمایت از مهدی حائری یزدی جهت نمایندگی مجلس شورای ملی به یزد رفت و سیدمحمدعلی وزیری از علمای سرشناس یزد پیشنهاد کرد او در یزد بماند و با آنکه علمای قم، بودن صدوقی را در حوزه قم لازم می‌دانستند، پذیرفتند وی در یزد بماند.

صدوقی در یزد ضمن تدریس فقه و اصول، با برگزاری جلسات تفسیر و سخنرانی‌های ارشادی، به تقویت بنیان‌های مذهبی مردم می‌پرداخت و مدرسه‌ها و مسجدهای بسیاری را احیا کرد، ازجمله مدرسه محمدتقی‌خان، مدرسه عبدالرحیم‌خان و مسجد حظیره و چنان‌که گفته شده در میان مراجع و علما بیشترین فعالیت را در عمران و آبادی داشت. وی که از همان دوران تحصیل شیفته خدمت به محرومان بود، در این راه تلاش و فعالیت زیاد می‌کرد؛ از این‌رو خیلی زود محبوبیت مردمی پیدا کرد. او از تواضع خاصی برخوردار بود و مردم از همین‌رو نیز شیفته اخلاق او بودند.

صدوقی با همه طیف‌های اجتماعی و همه گروه‌های سنی پیوند داشت، اما توجهی ویژه به جوانان و نوجوانان داشت. وی در جواب کسانی که به سر و صدا و حضور جوانان، معترض بودند، تأکید می‌کرد جوانان باید با مسجد انس داشته باشند و با مسائل دینی و اجتماعی آشنا شوند؛ زیرا آنان امید آینده کشورند. وی با نفوذ و اعتباری که یافت مرجع حل مشکلات مردم یزد شد و حتی زرتشتیان نیز به او علاقه‌مند بودند و به وی مراجعه می‌کردند. او خود با مردم روبه‌رو می‌شد و کارهای آنان را مستقیماً انجام می‌داد. وی در حوادثی چون زلزله و وقوع سیل در کشور، اهتمامی فوق‌العاده داشت؛ برای نمونه در حادثه زلزله مهیب طبس در شهریور سال ۱۳۵۷ مدیریت بسیار بالایی از خود نشان داد؛ همچنین در بازسازی آثار زلزله گلبافت کرمان سهم زیادی داشت؛ و در حادثه زلزله کرمان در خرداد ۱۳۶۰ و مرداد همان سال به حکم امام‌خمینی مأمور رسیدگی به امور زلزله‌زدگان شد و امام‌خمینی نیز از خدمات ایشان در این زلزله به نیکی یاد کرد. نیز اراضی واقع در شهر قم با همت صدوقی ساماندهی و در آنها مجتمع فرهنگی‌دینی بنیاد صدوق، تأسیس شد و امام‌خمینی در نامه‌ای به صدوقی ابراز امیدواری کرده‌است که وی بتواند این بنا را به دلخواه خود به سامان برساند. وی خدمات اجتماعی، فرهنگی بسیاری در یزد و دیگر شهرهای ایران انجام داده‌است که بیش از پنجاه مورد آن در کارنامه ایشان ثبت شده‌است. او ضمن آنکه در تمامی صحنه‌های انقلاب حضور داشت، یار و مددکار گرفتاران و مستمندان بود و به تعبیر امام‌خمینی، برای خدمت به مردم و انقلاب سر از پا نمی‌شناخت.

صدوقی که از جمعیت فداییان اسلام حمایت می‌کرد، در سال ۱۳۳۰ وقتی سیدعبدالحسین واحدی تحت تعقیب قرار گرفت، او را در خانه خود پنهان کرد و به رغم دو مرتبه وارسی خانه او از سوی مأموران رژیم پهلوی، آنان موفق به بازداشت واحدی نشدند. وی در نخستین فعالیت سیاسی خود، از نامزدی مهدی حائری یزدی فرزند عبدالکریم حائری یزدی برای نمایندگی مردم یزد در دوره هفدهم مجلس شورای ملی در سال ۱۳۳۱ حمایت و تلاش زیادی کرد.

صدوقی آشنایی خود با امام‌خمینی را در همان روزهای ورود خود به حوزه علمیه قم شمرده‌است که این آشنایی به‌سرعت به رفاقت تبدیل شده بود و آنان هفته‌ای دو یا سه بار با هم جلسه داشته‌اند. او از مباحثه حدیث «طیر مشویّ» از کتاب عبقات با امام‌خمینی و برخی دیگر از دوستانشان در شب‌نشینی‌های ماه رمضان خبر داده‌است. وی در همراهی با امام‌خمینی، در اعتراض ایشان و دیگر عالمان به تصویب لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی در سال ۱۳۴۱ سازماندهی اعتراض‌های روحانیان در استان یزد را بر عهده داشت و به همراهی برخی علمای یزد در تلگرامی به دربار، الغای این تصویب‌نامه را خواستار شد و آن را خلاف دین و قانون اساسی شمرد. وی پس از حمله رژیم به مدرسه فیضیه در دوم فروردین ۱۳۴۲، به همراه روحانیان یزد در اعلامیه‌ای، حمایت خود را از امام‌خمینی اعلام کرد و خود را فرمانبردار ایشان و دیگر مراجع خواند. نیز پس از قیام پانزده خرداد ۱۳۴۲، در اعتراض به بازداشت امام‌خمینی، همراه گروهی از علمای شهرستان‌ها، به تهران مهاجرت کرد و پس از آزادی ایشان به قم رفت و در خدمت ایشان بود؛ همچنین هنگامی که رژیم پهلوی امام‌خمینی را به ترکیه تبعید کرد، صدوقی از محمدتقی فلسفی خواست در سخنرانی خود به این اقدام دولت اعتراض کند.

با انتقال امام‌خمینی از ترکیه به نجف ارتباط صدوقی با ایشان، از راه نامه و تلگرام ادامه داشت. تلاش وی برای یاری امام‌خمینی در هنگام تبعید ایشان به عراق و فرستادن کمک‌های مردمی به نجف ازجمله فعالیت‌های او برای همراهی و تقویت حرکت امام‌خمینی بوده‌است. در جریان اعلام تشکیل «سپاه دین» از سوی رژیم پهلوی در سال ۱۳۵۰ که امام‌خمینی مخالف آن بود، صدوقی در مقابله با آن در مسجد حظیره سخنرانی کرد و به مردم دربارهٔ بهایی‌شدن فرزندان‌شان هشدار داد. وی در خرداد ۱۳۵۰ هم‌زمان با روزهای جشن ۲۵۰۰ساله رژیم پهلوی، از تأسیس دبستانی در آن تاریخ جلوگیری کرد تا با نام این جشن و در جهت تبلیغ رژیم نام‌گذاری نشود و متعهد شد که در تاریخ دیگر برای تأسیس آن خود اقدام خواهدکرد. همچنین وی با تشکیل حزب رستاخیز از سوی رژیم پهلوی، همصدا با امام‌خمینی، پیوسته به مخالفت برخاست و با برخی روحانیان که از این حزب تبلیغ می‌کردند، به‌شدت مخالفت کرد و مردم را از نمازخواندن پشت سر آنان برحذر داشت؛ همچنین از شرکت در مراسم و جلسه‌هایی که رژیم پهلوی تدارک می‌دید، امتناع می‌کرد، ازجمله محمدرضا پهلوی در فروردین ۱۳۵۲ در کاخ مرمر تهران ترور نافرجام شد و مراسم نیایش برای سلامتی وی در مسجد برخوردار یزد برگزار شد؛ ولی صدوقی افزون بر آنکه خود شرکت نکرد، دیگران را نیز از شرکت در چنین محافلی بر حذر می‌داشت.

در پی مخالفت‌های صدوقی با رژیم پهلوی، اداره سوم سازمان اطلاعات و امنیت کشور (ساواک)، در ۱۸/۲/۱۳۵۲ به ساواک یزد دستور داد تا او را به اداره ساواک احضار کند و دربارهٔ این مخالفت به او هشدار دهد. در پی این دستور، ساواک یزد همه فعالیت‌ها، نامه‌ها و تلفن صدوقی را زیر نظر گرفت و تنها شنود تلفن‌های وی و خانواده‌اش در دو جلد منتشر شده‌است. ساواک در گزارشی صدوقی را به عنوان نماینده تام‌الاختیار امام‌خمینی در یزد معرفی کرده‌است.

در سال ۱۳۵۴ که محمدرضا پهلوی، تاریخ شاهنشاهی را جایگزین تاریخ هجری شمسی کرد (ببینید: تغییر تاریخ هجری)، صدوقی به این کار اعتراض کرد. او همچنین جشن هنر شیراز را محکوم کرد و رفتارهای توأم با ابتذال را که در جشن‌های چهارم آبان، سالروز تولد پهلوی برگزار می‌شد، زشت خواند و برای اعتراض به این اعمال، از شهر بیرون رفت.

براساس گزارش ساواک، صدوقی در سال ۱۳۵۴، برای ساختن مدرسه علمیه و خوابگاه طلاب، زمینی به مساحت ۲۰۰هزار متر مربع در قم خرید که احتمالاً بخشی از هزینه آن به وسیله خیرین تأمین می‌شد و متعلق به ابوالفضل مصباح تولیت بود. تحلیل ساواک از ساخت این مدارس، عزم روحانیان در گسترش حوزه علمیه، ایجاد امکانات جدید برای طلاب و قراردادن قم به عنوان پایگاه وسیع و عمده روحانیون و طلاب بود؛ از همین‌رو با نگرانی از مشکلات امنیتی آینده که به دلیل گسترش حوزه علمیه به وجود می‌آمد، از ادامه ساخت آن جلوگیری کرد. ساواک در این گزارش، صدوقی را نماینده سیدحسین طباطبایی بروجردی در یزد تا سال ۱۳۴۱ و نماینده فعلی امام‌خمینی در جمع‌آوری وجوه دانست و با تشریح فعالیت‌های او، به مخالفت با شرکت زنان در انتخابات در سال ۱۳۴۱، مخالفت با ایجاد مدارس یادبود در سال ۱۳۵۰، احضار به ساواک در سال‌های ۱۳۵۰ و ۱۳۵۲ و شرکت‌نکردن او در مراسم نیایش و ترک منطقه به بهانه‌های مختلف اشاره کرده‌است. ساواک در ۲۶ اسفند ۱۳۵۴ خروج صدوقی را از کشور ممنوع اعلام کرد.

در پی درگذشت مشکوک سیدمصطفی خمینی در اول آبان ۱۳۵۶ صدوقی علاوه بر پیام تسلیت به امام‌خمینی، در پنجم آبان مجلس ترحیمی برای او برگزار کرد و با مأمور ساواک که می‌خواست مراسم را به‌هم بزند برخورد جدی کرد و مراسم را ادامه داد. او همچنین مراسم چهلم سیدمصطفی را در مسجد حظیره برگزار کرد. امام‌خمینی به دلیل پیام تسلیت صدوقی و برگزاری مجالس ترحیم در یزد، از وی تشکر کرد. در پی مقاله اهانت‌آمیز روزنامه اطلاعات دربارهٔ امام‌خمینی در هفدهم دی ۱۳۵۶ صدوقی از برخی روحانیان دعوت کرد تا حوزه علمیه یزد را تعطیل کنند و عازم شهر قم شوند. امام‌خمینی در بیست و هفتم دی ماه، در پاسخ نامه صدوقی، ضمن ابراز نارحتی از وضع کشور، از تفقد وی نیز تشکر کرد. صدوقی اطلاعیه‌های امام‌خمینی دربارهٔ حوادث نوزده دی قم و حوادث تبریز را میان مردم پخش می‌کرد و مراسم چهلم شهدای ۲۹ بهمن ۱۳۵۶ تبریز به هدایت وی در نهم و دهم فروردین ۱۳۵۷ در مسجد حظیره برگزار شد که منجر به شهادت دو نفر و بازداشت و تبعید سخنران این جلسه محمدکاظم راشد یزدی به ایرانشهر شد.

صدوقی نخستین کسی بود که دربارهٔ فاجعه آتش‌سوزی سینما رکس آبادان در ۲۸/۵/۱۳۵۷ اعلامیه داد و دراین‌باره دولت را مجرم شناخت؛ همچنین چند نامه به سیدابوالقاسم خویی، مرجع تقلید وقت، در اعتراض به سکوت وی در دوران انقلاب نوشت و پس از دیدار فرح دیبا، همسر محمدرضا پهلوی با خویی در نجف، به پذیرش این دیدار به‌شدت اعتراض کرد. وی در دوران مبارزه و در حمایت از امام‌خمینی و مبارزات ایشان از کسانی بود که بیشترین اعلامیه را به مناسبت‌های مختلف و در حمایت از ایشان صادر کرد.

صدوقی در فعالیت‌های خود در این سال‌ها، چند مشاور اصفهانی داشت که یکی از مهم‌ترین آنها فضل‌الله صلواتی، متولد ۱۳۱۷ در اصفهان و از مبارزان علیه رژیم پهلوی بود و از مدت‌ها پیش به یزد تبعید شده بود. وی اعلامیه‌های صدوقی را ویرایش و گاه آنها را آتشین‌تر می‌کرد. او که تحصیلات خود را تا سطوح عالی حوزه در اصفهان گذرانده بود، از سال ۱۳۴۳، با گروهی دیگر از مبارزان، در بیش‌تر مساجد و مدارس اصفهان جلساتی با حضور جوانان و با محوریت تبلیغ دینی و سیاسی تشکیل می‌داد. گروه او که به گروه «صلواتی» مشهور بود، یکی از موفق‌ترین گروه‌های مبارز در اصفهان و از پیشگامان نهضت اسلامی امام‌خمینی بودند و عمدتاً به کار فرهنگی، مذهبی و سیاسی می‌پرداختند. وی در سال ۱۳۴۵، به دلیل چاپ و تکثیر اعلامیه دستگیر شد و مدتی زندانی بود. او که در طول دوران نهضت، همواره تحت تعقیب بود، در سال ۱۳۵۳، به یزد تبعید شد و این تبعید تا سال ۱۳۵۷ ادامه داشت. پس از پیروزی انقلاب اسلامی، هرچند صدوقی اصرار داشت تا صلواتی در یزد بماند و مسئولیت فرمانداری یا استانداری را بر عهده گیرد، اما با توجه به برخی مسائل در اصفهان، به خواست سیدحسین خادمی و سیدجلال‌الدین طاهری اصفهانی مسئولیت فرمانداری اصفهان را پذیرفت و در نخستین انتخابات مجلس شورای اسلامی نیز، به نمایندگی از مردم اصفهان به مجلس راه یافت.

صدوقی از شخصیت‌هایی بود که سیداحمد خمینی او را برای دیدار امام‌خمینی به پاریس دعوت کرد و وی در ۱۳/۸/۱۳۵۷ به دیدار ایشان رفت و در فراهم‌آوردن استقبال باشکوه از ایشان و مدیریت جلسه برای سخنرانی ایشان در بهشت زهرا(س)، نقش اساسی داشت. حضور وی در مراسم سخنرانی امام‌خمینی در بهشت زهرا (س) در کنار ایشان و سخنان کوتاه وی بارها پخش شده‌است. امام‌خمینی چند روز پس از ورود به کشور، در دو نامه جداگانه از صدوقی خواست، از طرف ایشان از نامه‌ها و طومارهای تبریک مردم استان یزد تشکر و از آنان بخواهد همچنان همبستگی خود را تا پیروزی کامل حفظ کرده، از اختلاف و تفرقه دوری کنند. پس از پیروزی انقلاب اسلامی نیز امام‌خمینی در دیدار با روحانیون و مردم یزد، صدوقی را مورد علاقه شدید خود دانسته، یزد را نیز به دلیل پیشتازی علمای آن دیار به‌ویژه صدوقی در نهضت اسلامی، همچون شهر قم، نمونه برشمرد.

صدوقی در سال ۱۳۵۸ با بالاترین رأی در میان همراهان خود، نماینده مردم یزد در مجلس خبرگان قانون اساسی شد. امام‌خمینی در ۳۱ مرداد ۱۳۵۸، وی را به سمت امام جمعه یزد نصب کرد و در پاسخ نامه وی به مناسبت حمله نظامی آمریکا و شکست آن در طبس، از او خواست به عموم مردم آن دیار هشدار دهد که با تمام توان و قدرت اسلامی مهیا و در حال آماده‌باش باشند و از این خرابکاری‌های ناجوانمردانه، نهراسند. صدوقی که در بررسی مواد قانون اساسی شرکت فعال داشت در ۳۱ شهریور ۱۳۵۸ در نطق پیش از دستور جلسه بیست و هشتم در سخنانی از حق‌شناسی و فداکاری مردم به‌ویژه جوانان ستایش کرد و مسئولان را بر حق‌شناسی و اهتمام به دغدغه دینی مردم تشویق کرد و از رعایت‌نشدن شئون اسلامی در برخی اداره‌ها گلایه کرد. وی از مذهب حقه جعفری و مرجعیت و اصل ولایت فقیه حمایت و هشدار داد مبادا مردمی که برای رفع ظلم قیام و فداکاری کردند، گرفتار ظلم دیگری بشوند.

از سوی دیگر، صدوقی در دوران جنگ تحمیلی عراق علیه ایران، در تجهیز مردم برای رفتن به جبهه می‌کوشید و گاه شخصاً در جبهه‌ها به قصد سرکشی و تقویت روحیه رزمندگان حاضر می‌شد؛ چنان‌که با وجود وضع مزاجی نامناسب و شرایط دشوار مناطق جنگی، در جبهه جنوب و عملیات بیت‌المقدس حاضر بود. او با حضور در خط مقدم جبهه و رفتار صمیمانه با رزمندگان، کمک‌های قابل توجهی، برای تأمین نیازهای رزمندگان دفاع مقدس و اداره امور جنگ‌زدگان فراهم کرد و باعث تقویت روحیه جوانان بود.

صدوقی که با امام‌خمینی رابطه صمیمانه و دیرینه داشت، از ایشان با عباراتی مانند پرچمدار مذهب جعفری، مرجع عالیقدر شیعه، آیت‌الله العظمی و الحجة الکبری، ستایش کرده‌است. وی امام‌خمینی را در تدریس فلسفه، عرفان، فقه و اصول، استاد درجه اول حوزه شمرده که به‌رغم حضور بزرگان دیگر در قم، تدریس ایشان اولویت یافت و نیز ایشان را دارای نیروی بی‌پایان و خلاق ایمان دانسته که زنجیرهای اسارت را یکی پس از دیگری از دست و پای مردم مسلمان ایران برداشت. وی که از همراهی و دوستی خود با امام‌خمینی در مراحل مختلف، با افتخار یاد کرده‌است، ایشان را وجدان بیدار و خروشان مردم ستمدیده ایران شمرده و شخصیت استثنایی در میان همانندان خود دانسته‌است که به جامعه حیات سیاسی و اسلامی بخشید. وی با وجود جایگاه اجتماعی‌اش، مطیع امام‌خمینی بود و هیچ نظری را بر نظر ایشان ترجیح نمی‌داد، روح نظرات ایشان را با عمقِ وجود درک می‌کرد و بارها می‌گفت با رهبری امام‌خمینی، همه معادلات مادی دگرگون و تبدیل به ارزش‌های معنوی گردید.

امام‌خمینی نیز که به صدوقی علاقه شدید داشت، بارها با ستایش از وی، او را دارای سوابق ممتد در خدمت به اسلام و حوزه‌های علمیه و برخوردار از شناخت و آگاهی خاص برشمرده، از مردم یزد به‌ویژه جوانان خواست به پشتیبانی علما به‌ویژه صدوقی که به حق غمخوار اسلام و ملت است، برخیزند و به ارشاد او توجه کنند. ایشان از صدوقی با عنوان سومین شهید محراب و صدوقی عزیز یاد کرده و در نامه‌ای وی را از مصداق‌های روشن علمای متعهد برشمرده است و اظهار امیدواری کرده‌است که وی به اندازه شعاع نفوذ خود، برای گسترش مقاصد و اهداف الهی و مبارزاتی تلاش کرده، با هدایت مخالفان و معاندان، آنان را از کارشکنی در امور مسلمین بازدارد.

محمد صدوقی که در مبارزه علیه عناصر انحرافی ازجمله سازمان مجاهدین خلق پیشگام و فعال بود، سرانجام در دهم رمضان ۱۴۰۲ق/ یازدهم تیر ۱۳۶۱ در محراب نماز جمعه در سن ۷۳سالگی به دست یکی از عوامل سازمان مجاهدین خلق به شهادت رسید و لقب سومین شهید محراب را گرفت و پس از تشییع جنازه بی‌سابقه در مسجد حظیره یزد به خاک سپرده شد.

امام‌خمینی در پیامی به مناسبت شهادت صدوقی، وی را دوستی عزیز شمرد که بیش از سی سال با وی آشنا بوده و روحیات او را درک می‌کرده‌است و از او با عنوان عالِمی بزرگوار و بزرگی متعهد و فداکار و فقیه متعهّد یاد کرد. ایشان در این پیام خاطرنشان کرد که صدوقی در تمام صحنه‌های انقلاب حضور داشت و یار و مددکار گرفتاران و مستمندان بود. همچنین از خدمات اجتماعی وی و اینکه وقت خود را در راه پیروزی اسلام و رفع مشکلات انقلاب صرف کرده و برای خدمت به خلق و انقلاب ایثارگرانه تلاش می‌کرد، ستایش کرد و از همکاری بی‌دریغ وی با زلزله‌زدگان و بازسازی خرابی‌های زلزله و سیل، در مراحل مختلف و همکاری و سرکشی وی در جبهه‌ها که آرامش قلب خلق‌اللَّه بود، به عنوان اوصاف و خدمات او یاد کرد و افزود که اسلام خدمتگزاری متعهد، و ایران فقیهی فداکار، و استان یزد سرپرستی دانشمند را از دست داد.

 همچنین در پاسخ پیام تسلیت سید شهاب‌الدین مرعشی نجفی، از مراجع تقلید، صدوقی را فرزند اسلام و سرباز فداکار اسلام دانست که عمری در خدمت به حوزه‌های علمیه و خدمت به محرومان گذرانده و به دست منافقین انتقامجو که کارهای آنان خلاصه در ضربه زدن به اسلام و طبقه محروم ملت است، به شهادت رسیده‌است. ایشان چهار روز پس از ترور صدوقی، طی نامه‌ای به فرمانده سپاه پاسداران انقلاب اسلامی از ترور روحانیون معظم و مؤثر ازجمله صدوقی ابراز نگرانی کرده، پاسداران محافظ آنان به‌ویژه محافظان صدوقی را مورد سوءظن و شهادت ایشان را بسیار سؤال‌انگیز دانست و از وی خواست با بررسی اطراف قضیه، از این دست خسارت‌ها جلوگیری کند؛ چنان‌که در پاسخ پیام تسلیت معمر قذافی، رئیس‌جمهور لیبی، شهادت «فقیه بزرگوار و شهید محراب حضرت آیت‌اللَّه صدوقی» را فاجعه جانگداز دانسته، بیان داشت این شهادت‌ها نه تنها کوچک‌ترین اثری در تضعیف جمهوری اسلامی ندارد، بلکه موجب تقویت و بارور شدن این شجره طیبه خواهد گردید.

ایشان در مهر ۱۳۶۱ نیز در سخنانی که فرزند صدوقی، محمدعلی صدوقی نیز حضور داشت، صدوقی را شخصی متعهد، عاقل، فعال و از همه جهات انگشت‌شمار برشمرد و همانندِ وی را کم برشمرد و فقدان وی را باعث کمبود خواند. امام‌خمینی پس از صدوقی، سیدروح‌الله خاتمی را که امام جمعه اردکان یزد بود، به جای وی، به امامت جمعه یزد و نمایندگی خود در استان منصوب کرد.